Der Ort, der am rechten Ufer des Guadiana liegt, ist von Stadtmauern umgeben und eines der wichtigsten archeologischen Forschungszentren des Landes, das sich besonders mit der arabischen Herrschaft in Portugal beschäftigt. Die Stadt wird überragt von der ehemaligen Maurenburg mit einem Bergfried aus dem 13. Jahrhundert. Die Pfarrkirche mit einer Fassade im Mudejarstil, vermischt mit manuelinischen Elementen, ist aus der ursprünglich hier erbauten Moschee entstanden. Intensive und ergiebige Ausgrabungsarbeiten führten dazu, dass in Mertola drei bedeutende Museen entstanden: das römische Museum im Rathausgebäude, das islamische Museum, das die bedeutendste Sammlung keramischer Fundstücke vom 9. bis hin zum 13. Jahrhundert in Portugal beherbergt sowie eine der seltenen frühchristlichen Basiliken auf der iberischen Halbinsel aus dem 5. Jahrhundert.